1. jaanuarist 2009 koordineerib kohtupsühhiaatriliste ekspertiiside tegemist Eesti Kohtuekspertiisi Instituudi kohtupsühhiaatriatalitus.
Isiku suunab kohtupsühhiaatrilisse ekspertiisi õiguskaitse ametkonna (politsei, kohus) töötaja. Seega peab kannatanu pöörduma esmalt õiguskaitse ametkonna poole, kes vajadusel määrab ekspertiisi ja vormistab ekspertiisimääruse. Ilma ekspertiisimääruseta kohtupsühhiaatrilist ekspertiisi ei tehta.
Kui kohus peab vajalikuks kohtupsühhiaatriaekspertiisi läbiviimise eest menetlusosalise poolt ettemakse tasumist, kantakse see Rahandusministeeriumi arvelduskontole nr 10220034796011 SEB, viitenumber: 3100081683.
Üldjuhul määrab kohus kohtupsühhiaatrilise ekspertiisi teostajaks EKEI ning edastab määrused elektroonselt EKEI-le meiliaadressil . Kohus võib ekspertiisi teostajaks määrata ka riiklikult tunnustatud eksperdi nimeliselt, sellisel juhul edastab kohus määruse eksperdile ja teadmiseks EKEIile. Isiku toimikut, kellele kohtupsühhiaatriaekspertiis määrati, ei ole vaja EKEI-le edastada – EKEI kohustab määrust edastades ekspertiisi teostajat võtma ühendust kohtuga toimiku saamiseks.
Ekspertiisi teostakse üldjuhul kuu aja jooksul alates selle edastamisest koostööpartnerile. Pärast ekspertiisi teostamist tagastab ekspert kohtule toimiku koos ekspertiisiakti ning ekspertiisitasu õiendiga. Ekspertiisitasu arve esitab ekspert Eesti Kohtuekspertiisi Instituudile.
Tasu makstakse eksperdile uurimisasutuse, prokuratuuri, väärteoasja kohtuvälise menetleja või kohtu määruse alusel Määrused tuleb edastada e-posti aadressile või Tervise 30, 13419 Tallinn.
2) Statsionaarne kohtupsühhiaatrile ekspertiis (2 eksperti) 255 eurot, millele lisandub statsionaarne voodipäevatasu 59 eurot iga voodipäeva eest.
3) Kohtupsühhiaatria-kohtupsühholoogia kompleksekspertiis - 255 eurot iga ekspertiisi tegemisel osalenud eksperdi kohta.
Kohtupsühhiaatriaekspertiisi ja kohtupsühhiaatria-kohtupsühholoogia kompleksekspertiisi tegemise eest kehtestatud tasu sisaldab kõiki ekspertiisi tegemisega seonduvaid kulusid, sealhulgas:
1) eksperdile või ekspertide komisjonile makstav tasu ekspertiisi tegemise eest ja sellega kaasnevad maksud;
2) eksperdi poolt ekspertiisi tegemiseks vajalike vahendite kasutamisega ning eksperdiarvamuse ettevalmistamise ja koostamisega seotud kulud, kaasa arvatud abitööjõule ning uuringuks kasutatud materjalidele ja vahenditele tehtud kulutused;
3) ekspertiisi käigus eksperdi elu- või tegevuskohast kuni 50 kilomeetri kaugusel asuva ekspertiisialuse isiku viibimiskohta ja tagasi sõitmise kulud;
4) eksperdi tegevusalast tulenevad või muul viisil arvete esitamisega kaasnevad tasud ja maksud.
Ekspertiisi käigus eksperdi elu- või tegevuskohast rohkem kui 50 kilomeetri kaugusel asuva ekspertiisialuse isiku viibimiskohta ja tagasi sõitmise kulud hüvitatakse vastavalt läbitavale vahemaale, arvestades 0,25 eurot iga läbitud kilomeetri kohta, kuid mitte rohkem kui 63,90 eurot ühe ekspertiisi kohta.
. Kohus võib ekspertiisi teostajaks määrata ka riiklikult tunnustatud eksperdi nimeliselt, sellisel juhul edastab kohus määruse eksperdile ja teadmiseks EKEIile. Isiku toimikut, kellele kohtupsühhiaatriaekspertiis määrati, ei ole vaja EKEI-le edastada – EKEI kohustab määrust edastades ekspertiisi teostajat võtma ühendust kohtuga toimiku saamiseks.