Eesti Kohtuekspertiisi Instituudi osakondade tööd reguleerivad põhimäärused:
Arendus- ja personalitalitus
Asjaajamistalitus
DNA osakond
Dokumendiosakond
Ida-Eesti kohtuarstlik ekspertiisiosakond
IT osakond
KAPO talitus
Keemiaosakond
Kohtupsühhiaatriatalitus
Kvaliteeditalitus
Liiklusosakond
Lõuna-Eesti kohtuarstlik ekspertiisiosakond
Lääne-Eesti kohtuarstlik ekspertiisiosakond
Majandustalitus
Põhja-Eesti kohtuarstlik ekspertiisiosakond
Sõrmejäljeosakond
Tehnikaosakond
