Eesti Kohtuekspertiisi Instituut on riiklik ekspertiisiasutus, mis loodi 01.01.2008. aastal ning on Justiitsministeeriumi hallatav riigiasutus. Instituut on tekkinud kahe asutuse, Eesti Kohtuarstliku Ekspertiisibüroo ning Kohtuekspertiisi ja Kriminalistika Keskuse, ühinemisel.
Instituudi tegevuse põhieesmärk on kohtuekspertiiside tegemine menetlusasjades vastavalt pädevusele, ekspertiisivaldkondade arendustegevus, politseiasutuste ekspertiisialane koolitamine ja nõustamine instituudi ülesannetega seonduvates küsimustes ning riiklike andmekogude ja registrite valdamine.
Instituut juhindub oma tegevuses põhimäärusest ja teistest riiklikult kehtestatud õigusaktidest.
Riiklikus ekspertiisiasutuses tehtavate ekspertiiside loetelu on kinnitatud Justiitsministri 18. jaanuari 2008. a määrusega nr 4, tehtavad uuringud on loetletud EKEI põhimääruses.
EKEI-s tehtavate ekspertiiside hinnad on kehtestatud Kohtuekspertiisiseadusega (KES).
EKEI töö tellijateks on peamiselt kohtu, prokuratuuri, uurimisasutuste ja kohtuvälised menetlejad.