Структурные подразделения института – отделы и службы. В составе отдела могут быть службы. В состав института входят: отделы судебно-медицинских экспертиз, отдел экспертизы ДНК, отдел экспертизы документов, отдел химической экспертизы, отдел дактилоскопической экспертизы, отдел технической экспертизы, финансово-административный отдел. Региональные отделы судебно-медицинских экспертиз расположены в Таллинне, Тарту, Кохтла-Ярве и Пярну.
Основные задачи каждого структурного подразделения в регионе его деятельности сформулированы в уставе института.
Конкретные задачи каждого структурного подразделения указаны в его уставе, который должен утвердить директор. Состав института устанавливается согласно Приложению № 1 к постановлению министра юстиции, составленному на основании Закона о правительстве Эстонской Республики, § 43 – 5 и Закона о судебной экспертизе, § 301 – 1 и 2.