Структурные подразделения института
Структурные подразделения института – отделы и службы. В состав института входят: отделы судебно-медицинских экспертиз, отдел биометрической экспертизы, отдел экспертизы ДНК, отдел экспертизы документов, отдел химической экспертизы, отдел токсикологической экспертизы, отдел технической экспертизы, служба персонала, административная служба , служба экономика и служба качества. Региональные отделы судебно-медицинских экспертиз расположены в Таллинне, Тарту, Кохтла-Ярве и Пярну.
Основные задачи каждого структурного подразделения в регионе его деятельности сформулированы в уставе института.