Struktuuriüksused
Instituudi struktuuriüksusteks on osakonnad ja talitused. Instituudi koosseisu kuuluvad kohtuarstlikud osakonnad, biomeetria-, DNA-, dokumendi-, infotehnoloogia-, keemia-, liiklus-, toksikoloogia- ja tehnikaosakonnad. Lisaks asjaajamis-, kvaliteedi-, majandus- ja personalitalitus. Kohtuarstlikud osakonnad asuvad Tallinnas, Tartus, Kohtla-Järvel ja Pärnus.
Struktuuriüksuste põhiülesanded on kehtestatud instituudi põhimäärusega ning iga üksuse täpsemad ülesanded kinnitatakse direktori käskkirjaga.
Struktuuriüksuste ülesanded alates 30.06.2025
Instituudi koosseis on kehtestatud 23.12.2025 direktori käskkirjaga nr 159.
EKEI koosseis alates 01.01.2026
Instituudis töötavad ainult töölepingulised teenistujad ning ametnikega täidetud ametikohti ei ole.